Ishii adalah seorang ahli mikrobiologi dan letnan jenderal Unit 731, sebuah unit perang biologis Tentara Kekaisaran Jepang selama Perang Sino-Jepang. Ia dilahirkan di bekas Desa Shibayama Kabupaten Sanbu di Prefektur Chiba, dan belajar kedokteran di Universitas Kekaisaran Kyoto. Pada 1932, ia memulai eksperimen pendahuluan dalam perang biologis sebagai proyek rahasia militer Jepang. Pada tahun 1936, Unit 731 terbentuk. Ishii membangun sebuah senyawa besar – lebih dari 150 gedung-gedung lebih dari enam kilometer persegi – di luar kota Harbin, Cina.
Beberapa dari sekian banyak kekejaman yang dilakukan oleh Ishii dan yang lain di bawah komandonya di Unit 731 meliputi: pembedahan makhluk hidup hidup orang (termasuk wanita hamil yang dihamili oleh dokter), tahanan dengan kaki diamputasi dan dipasang ke bagian lain dari tubuh mereka, sejumlah tawanan dibuat beku anggota tubuhnya dan dicairkan untuk mempelajari hasil gangren yang tidak diobati. Manusia juga digunakan sebagai kasus uji hidup untuk pelempar granat dan nyala api. Tahanan disuntik dengan inokulasi penyakit, dengan disamarkan sebagai program vaksinasi, untuk mempelajari efek mereka. Untuk mempelajari efek penyakit kelamin yang tidak ada obat, tawanan laki-laki dan perempuan sengaja diinfeksi dengan sifilis dan gonore melalui perkosaan, lalu dipelajari. Setelah diberikan kekebalan oleh Otoritas Pendudukan Amerika pada akhir perang, Ishii menghabiskan waktunya dalam penjara untuk kejahatannya dan meninggal pada usia 67 akibat kanker kerongkongan.
